nf-core是由Nextflow使用开发者共同开发维护的优秀项目，涵盖各种生信数据分析的高质量流程。依赖于Nextflow的优势，基本可以在任何HPC环境即插即用，解决生信分析中规模化、可重复性等众多痛点。本文以ATAC-Seq为例，介绍如何使用nf-core中的流程。该流程从质控、比对到差异分析、IGV可视化一键完成。
测试环境
Ubuntu 20.04 （Root权限）
安装Docker
sudo snap install docker # 用snap安装
sudo usermod -aG docker ${USER} # 修正权限问题安装java
sudo apt install default-jdk安装nextflow
curl -fsSL get.nextflow.io | bash
sudo mv nextflow /usr/local/bin下载nf-core/atacseq流程并运行实例
nextflow run nf-core/atacseq -profile test,docker运行
根据自己的样本，创建一个以下格式的csv文件
group,replicate,fastq_1,fastq_2
control,1,AEG588A1_S1_L002_R1_001.fastq.gz,AEG588A1_S1_L002_R2_001.fastq.gz
control,2,AEG588A2_S2_L002_R1_001.fastq.gz,AEG588A2_S2_L002_R2_001.fastq.gz
control,3,AEG588A3_S3_L002_R1_001.fastq.gz,AEG588A3_S3_L002_R2_001.fastq.gz
treatment,1,AEG588A4_S4_L003_R1_001.fastq.gz,AEG588A4_S4_L003_R2_001.fastq.gz
treatment,2,AEG588A5_S5_L003_R1_001.fastq.gz,AEG588A5_S5_L003_R2_001.fastq.gz
treatment,3,AEG588A6_S6_L003_R1_001.fastq.gz,AEG588A6_S6_L003_R2_001.fastq.gz
treatment,3,AEG588A6_S6_L004_R1_001.fastq.gz,AEG588A6_S6_L004_R2_001.fastq.gzgroup：实验组别，如实验组、对照组replicate：实验重复编号fastq_1：fastq1绝对路径fastq_2：fastq2绝对路径
运行
export NXF_OPTS='-Xms1g -Xmx4g' # 建议限制Java虚拟机的内存
nextflow run nf-core/atacseq --input design.csv --genome GRCh37 -profile docker